В заповеднике обитает 18 видов рыб, 9 - земноводных, 16 - пресмыкающихся, более 200 - птиц, в том числе 109 - гнездящихся, более 60 видов млекопитающих; 23 вида позвоночных животных, встречающихся в заповеднике, занесены в Красную книгу. Чрезвычайно богат и разнообразен мир насекомых заповедника, представленный более чем 20 отрядами. Число видов точно не установлено (около 10 000). В Красную книгу занесены 38 видов энтомофауны заповедника. В лесах и высокогорье вблизи прогреваемых водоемов встречаются различные виды стрекоз: коромысло камышовое, стрекоза плоская, редкий кавказский эндемик - кордулегастер мзимта и др. Во всех ландшафтах обитают многочисленные прямокрылые: кузнечики (кузнечики зеленый и серый, лептофис белоленточный, изофия Шапошникова, дыбка зеленая и др.), сверчки (полевой и домовый, медведка), саранчовые (саранча перелетная, кобылка сибирская, подисма Уварова, многие виды коньков и др.). Очень разнообразны растительноядные равнокрылые. Наиболее крупные певчие цикады - обыкновенная (длина тела с крыльями - 5 см), мелампсальта меглери. В солнечный июльский день в черноморских лесах слышен непрерывный жужжащий звук, который издает многотысячный хор звонких цикад. Распространены также церкопис краснопятнистая, иссусы кавказский и мухоподобный и др. Последние 15- 20 лет происходит экспансия цикадки японской: ранее в энтомофауне России ее не было, а теперь она заняла причерноморские леса, в том числе и в районе заповедника.Выявлено свыше 200 видов полужесткокрылых из более чем 20 семейств. Среди них водные клопы (гребляки, водяной скорпион, водомерки и др.); большое число фитофагов (представители кружевниц, черепашек, лигеид, слепняков, щитников) и хищников.Жесткокрылые - наиболее крупный по числу видов среди всех отрядов насекомых и других животных заповедника. Около 3 тыс. представителей более 50 семейств обитают во всех биотопах всех высотных поясов. Наиболее многочисленны или характерны в биоценозах семейства жужелиц, стафилинов, пластинчатоусых, дровосеков, златок, щелкунов, листоедов, долгоносиков, короедов.