Во флоре лесов заповедника зарегистрировано 900 видов сосудистых растений, относящихся к 94 семействам и 406 родам. Из них папоротникообразных - 39, голосеменных - 6, покрытосеменных - 855 (95%) видов. Наиболее богато семейство сложноцветных (116 видов), а также розоцветных (68), злаковых (67), бобовых (50), зонтичных (44) и т. д. Генетически флора лесов неоднородна: преобладают бореальные виды (56%), виды кавказского происхождения составляют 22%, древние третичные лесные - 10,5%. Ничтожную роль играют степные (1,6%), адвентивные (заносные - 1%) и пустынные (0,1%) виды. Флора лесов заповедника содержит много древних кавказских эндемиков, например молочай длиннорогий, дуб грузинский, кирказон Штепа, окопник крупноцветковый, падуб узкоплодный, бересклет гладкокорый и др. К древним видам относится и большинство представителей субальпийского высокотравья Кавказа, в том числе и заповедника: бор Шмидта, купырь Шмальгаузена, борщевик Мантегаци, лигустикум арафе и др. (Гагнидзе, 1974). Эндемичные виды (лилия однобратственная, подснежник кавказский, мак мохнатый, очиток кавказский, смородина Биберштейна и др.) составляют 16% лесной флоры, реликтовые - 17% (папоротники страусник и листовик сколопендровый, пихта Нордмана, ель восточная, бук восточный, дубы Гартвиса и грузинский, граб кавказский, чубушник кавказский, лавровишня лекарственная и др.). Флора высокогорий (включая известняковый массив Фишт-Оштен за пределами заповедника) насчитывает 967 видов папоротникообразных и семенных растений, относящихся к 285 родам и 62 семействам, из них папоротникообразнных - 23, голосеменных - 4, покрытосеменных - 940 видов.Самые крупные семейства - сложноцветные (133 вида), а также злаки (79), гвоздичные (57), розоцветные (56), зонтичные (54) И Др, Кавказские эндемики составляют 36,3%, среди них наибольшую группу образуют виды, связанные в своем происхождении с Главным хребтом (остролодочник кубанский, тюльпан Липского, валериана скальная и др.), некоторые виды являются колхидскими эндемиками (трясунка Марковича, девясил великолепный, валериана колхидская и др.). К западно - кавказским эндемикам относятся пупавка абагинская, колокольчик Страна, смолевка альпийская и др. Флора водных растений высокогорных озер заповедника содержит всего 7 видов; все они бореальные (ряска малая, рдесты альпийский, Берхтольда, гребенчатый и длиннейший, болотник весенний, валлиснерия спиральная). Предел их распространения - высота 2400 м. Общее количество болотных видов - 41. Большая их часть (65,6%) относится к семействам осоковых и ситниковых. Во флорогенетическом отношении эта группа довольно однородна: 85% ее видов имеют бореальный тип ареалов. Некоторые болотные виды - реликты плейстоценового периода (осока топяная, пушица влагалищная, сабельник болотный, вахта трехлистная, горечавка снежная и др.). Наибольшее число болотных растений произрастает на высотах 1900- 2400 м. В заповеднике известно более 720 видов грибов. Водоросли, лишайники и мохообразные изучены очень слабо. На водно-болотных и переувлажненных местообитаниях высокогорий выявлено 48 видов мхов, относящихся к 15 семействам и 17 родам. Наиболее представительное - семейство сфагновых (14 видов). Из редких растений, занесенных в Красную книгу , в заповеднике произрастают 32 вида. Из древесных и кустарниковых растений это тис ягодный, самшит колхидский, хмелеграб обыкновенный, арахна колхидская, клекачка колхидская и др.; из травянистых - красавка кавказская, цикламен кавказский, горечавка особенная, колокольчик Страна, многие орхидные (анакамптис пирамидальный, лимодорум недоразвитый, надбородник безлистный и др.).